Может заказчик перечислить целевой аванс подрядчику под закупку комплектующих для производства воздуховодов, если данные воздуховоды будет производить структурное подразделение подрядчика (источник финансирования объекта – бюджетные средства)?

Не может.

В договоре может предусматриваться выплата целевых авансов на приобретение материальных ресурсов согласно приложению к Правилам № 1450[1]. При этом заказчик вправе с согласия подрядчика перечислять авансы непосредственно изготовителям материальных ресурсов, если с ними подрядчиком заключены соответствующие договоры, за исключением объектов, финансируемых с привлечением бюджетных средств (п. 58 Правил № 1450). В приведенной ситуации подрядчик, имея в наличии свое структурное подразделение, является непосредственным производителем материальных ресурсов, необходимых для комплектации объекта. Однако с учетом вышеизложенного законодательством не предусмотрено авансирование затрат, связанных с приобретением комплектующих, необходимых для изготовления продукции ...