Цена договора на строительство объекта рассчитана методом согласно под. 7.4 Положения № 1553. 

Если в сметной документации выявлены недостатки, исправление которых повлечет необходимость выполнения дополнительных объемов по работам, учтенным в предмете договора на строительство объекта (графике строительства (производства работ)), вправе ли заказчик отнести эти работы к дополнительным и оформить двухсторонний акт в соответствии с п. 12 Положения № 1553?

Нет, независимо от источника финансирования.

Ошибки в сметной документации, устранение которых приведет к необходимости выполнения дополнительных объемов по работам, учтенным по стадии "Строительный проект", являются недостатками этой документации, а не дополнительными работами в той сути, что заложена в п. 12 Положения № 1553.

Следовательно, если источник финансирования – собственные средства заказчика, после передачи подрядчику исправленных смет стороны заключают дополнительное соглашение о корректировке ...